En el periodo entre 2012-2015 se han defendido un total de 34 tesis en las facultades eclesiásticas (Filosofía, Derecho Canónico y Teología)
La Universidad Pontificia de Salamanca es la tercera universidad de las nueve de Castilla y León en defensas de tesis doctorales con un total de 46 durante el curso académico 2013-2014 (excluyendo las defendidas en las facultades de Derecho Canónico, Filosofía y Teología), según los datos de la Consejería de Educación de Castilla y León.
Por otra parte, en el periodo entre 2012-2015 se han defendido un total de 34 tesis en las facultades eclesiásticas (11, en la Facultad de Filosofía; cinco en la Facultad de Derecho Canónico y 18 en la Facultad de Teología). Además, 83 tesis se encuentran en proceso de elaboración (29, en la Facultad de Filosofía; 17, en la Facultad de Derecho Canónico y 27, en la Facultad de Teología).
La UPSA ocupa este tercer puesto detrás de la Universidad de Salamanca (USAL) y la Universidad de Valladolid (UVA) y, según estos datos, el primer puesto en la línea de investigación del campo de humanidades y humanística.