Ciudad Rodrigo llevaba desde 1950 con Obispo propio después de estar sin él más de un siglo, desde 1843
La fatídica decisión tomada por El Vaticano supone acabar, o cuanto menos dañar de forma irreparable, 860 años de historia de la Diócesis de Ciudad Rodrigo, en los que nunca hasta ahora había tenido que compartir Obispo con otro territorio, aunque ciertamente hubo otra época de su historia (en el siglo XIX) en la que ya dependió administrativamente de la Diócesis de Salamanca, siendo su Obispo el Administrador Apostólico de la Diócesis Civitatense.
El nacimiento de la Diócesis de Ciudad Rodrigo data del 13 de febrero de 1161, cuando el Rey Fernando II de León donó los derechos episcopales de Ciudad Rodrigo a la Iglesia compostelana y a su arzobispo electo Fernando. Siete años después, en 1168, se nombra el primer Obispo de la Diócesis Civitatense, llamado Domingo. En 1170, Ciudad Rodrigo quedó afiliada a la provincia eclesiástica de Compostela, mientras que en 1173 y 1174 hubo un acuerdo de concordia con la Diócesis de Salamanca sobre las parroquias de la zona de Yeltes.
Rematando esta primera etapa, el 25 de mayo de 1175 el Papa Alejandro III emite la Bula de aprobación del Obispado; en 1191, se llega a la concordia con la Diócesis de Coria sobre la jurisdicción de las villas de Valdárrago, en la Sierra de Gata; en 1196, el Papa Celestino III confirma la concordia con Salamanca sobre los límites de sus Obispados; y en 1199, el Papa Inocencio III confirma la integración de la Diócesis en la provincia eclesiástica de Compostela.
Tras varias disputas con las diócesis de Salamanca y Coria, fueron quedando definidos los límites de la Diócesis de Ciudad Rodrigo. Al norte, el límite era el río Huebra como separación de la Diócesis de Salamanca; al este, la proyección hacia el sur de la Diócesis salmantina, con la que se encontraba en el área de la Sierra de Francia; al sur, el Obispado de Coria, perteneciendo al de Ciudad Rodrigo las parroquias de Robledillo, Descargamaría, Eljas, San Martín, Villamiel y Trevejo; y al oeste, la Riba Côa -entonces territorio del reino de León- con las villas de Sabugal, Alfayates, Almeida, Castelo Rodrigo, Castelo Bom, Monforte y Castelo Melhor.
Saltando a 1402, el Papa Bonifacio IX emite una Bula denominada Eximie devotionis sinceritas, que separa de la Diócesis de Ciudad Rodrigo los bienes y tierras que ésta tenía en la región de Cima-Côa (Portugal), que quedan anexionados a la Diócesis de Lamego. Fue casi al final de ese siglo, en 1481, cuando el Papa Sixto IV confirmó la desmembración de los territorios portugueses de la Riba Côa de la Diócesis Civitatense.
Dentro de los devenires diocesanos en lo que a límites o dirección de la misma se refiere, el siguiente momento relevante se produce en 1843, cuando se inicia un período de Sede Vacante. En 1851, hay un Concordato con la Santa Sede por el que la Diócesis Civitatense queda unida a la de Salamanca, lo que hace que en 1857 varios capitulares elaboren un informe histórico para demostrar los derechos de Ciudad Rodrigo a conservar los honores episcopales. Finalmente, no se produce la fusión con Salamanca, y en 1867 el Ministerio de Gracia y Justica nombra únicamente administrador apostólico de Ciudad Rodrigo al Obispo de Salamanca, Anastasio Rodríguez Yusto (concluyendo el período de Sede Vacante).
En 1883, el Cabildo y el Ayuntamiento piden al Papa y al Rey el nombramiento de un administrador para la Diócesis Civitatense, lo que se produjo al año siguiente: el 25 de noviembre de 1884, el Papa León XIII nombró a José Tomás de Mazarrasa y Riva como Administrador Apostólico de Ciudad Rodrigo (con el título de Obispo de Filipópolis), momento que se considera que la Diócesis recupera su 'independencia'. Al año siguiente, se desgaja el Boletín Eclesiástico del Obispado de Ciudad Rodrigo del de Salamanca, que se habían publicado de forma conjunta desde el 22 de junio de 1867.
De 1941 a 1945 hay un nuevo período de Sede Vacante, mientras que el 20 de diciembre de 1949 Jesús Enciso Viana es elegido Obispo electo de Ciudad Rodrigo. Pocos días después, el 9 de enero de 1950, se produce la normalización apostólica con el decreto que eleva a Ciudad Rodrigo a la categoría de Diócesis (los 50 años de esta normalización fueron celebrados en el año 2000 con varios eventos, entre ellos la exposición Jesucristo, Imágenes del Misterio y el Congreso de Historia de la Diócesis).
En 1958, se produce el último gran ajuste de los límites de la Diócesis. En concreto, se ceden a la Diócesis de Coria-Cáceres las parroquias del sur de la Sierra de Gata (San Martín de Trevejo, Trevejo, Villamiel, Eljas, Robledillo de Gata y Descargamaría), mientras que pasan a la Diócesis Civitatense varias parroquias del sur de la Diócesis de Salamanca, de la zona de Huebra-Yeltes (Aldeanueva de la Sierra, Anaya de Huebra, Alvililla de la Sierra, Mieza, Muñoz, San Muñoz, Sanchón de la Sagrada, La Sagrada, Tamames, Villares de Yeltes y Vilvestre), incluido el Monasterio de El Zarzoso de El Cabaco.
Mientras, en lo que a los Obispos se refiere, tras Jesús Enciso Viana llegaron José Bascuñana López, Demetrio Mansilla Reoyo (que estuvo de 1964 a 1988), Antonio Ceballos Atienza, Julián López Martín, Atilano Rodríguez y Raúl Berzosa, que fue nombrado prelado civitatense el mismo día que Atilano Rodríguez fue nombrado Obispo de Sigüenza-Guadalajara (donde acaba de cumplir los 75 años que marcan la jubilación eclesiástica).
En la actualidad, la Diócesis cuenta con 4.264 kilómetros cuadrados de extensión, con 7 arciprestazgos (Abadengo, Águeda, Argañán, La Ribera, Ciudad Rodrigo, Campo Charro y Yeltes), por los que se reparten 121 parroquias.