La Sección de la Flagelación se creó dentro de la Cofradía en 1913, formada por dependientes del comercio, pero debido a las dificultades económicas por la que pasaba, la cofradía fue decayendo.
En 1948 la recién creada Hermandad Universitaria solicitó la cesión de la imagen del Flagelado para su desfile, pero la petición fue denegada.
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o" style="text-align: justify;">A raíz de este hecho la Congregación de San Francisco Javier se comprometió para hacer una cofradía propia que procesionase la imagen, constituyéndose como tal en 1948, teniendo como sede la Iglesia de la Clerecía, en cuya sacristía se custodiaba la imagen del Flagelado. La nueva cofradía procesionó por primera vez el Lunes Santo de 1949.