La Mesta no consiguió frenar el impulso roturador y las siembras de cañadas que contravenían los privilegios de la Cabaña Real. La entrada del arado y los cultivos de pastos eran una realidad imposible de soslayar y de eludir. La institución mesteña debía hacer frente, pues, a una nueva realidad agraria,
Todavía en el siglo XVI, bajo los reinados de Carlos V y de Felipe II, la Mesta experimentaría una nueva etapa expansiva, estratificándose como una verdadera institución dinamizadora de la economía española, apoyada por el comercio exterior lanero con destino a los Países Bajos.
Sin embargo, con el reinado de los Austrias menores, y cuando el comercio con Flandes decayó, el ramo pecuario español sufrió una notable depresión: la balanza española se inclinó entonces, irremisiblemente, hacia el lado de la agricultura. Eran los años finales de un Imperio que comenzaba a descomponerse. Como consecuencia de ello, la Mesta inició un periodo de notable decadencia y fue perdiendo privilegios de modo progresivo y, consecuentemente, poder. También disminuyó el número de cabezas trashumantes, y los pasos y servidumbres que habían mantenido intactos los caminos ganaderos fueron ocupándose de cultivos