Cuando Alfonso VI reconquistó definitivamente Salamanca en el año 1085, aunque no sabemos el día de su entrada en la ciudad, ésta pasó a integrar la Corona de León, que por aquel entonces formaba un solo reino con Castilla y Portugal. El monarca dio orden de repoblar la ciudad con una organización concejil, que ya venía de antes, avalada por el Fuero que regularía jurídicamente su funcionamiento.
En el año 1102 Raimundo de Borgoña, yerno del rey por estar casado con la infanta Urraca, hizo donación al obispo Ieronimus Visquio de tierras, aceñas, pesqueras, huertos y otras propiedades suficientes para restaurar y mantener la sede episcopal en Salmantica y para la construcción de una catedral-fortaleza.
Llegó incluso a donarle, además del diezmo y primicias eclesiásticas, un tercio de las rentas, censos y pechos de la ciudad, privilegios confirmados por Alfonso VI en 1107. Ieronimus, monje cluniacense natural de Périgueux, en Aquitania, antiguo capellán de El Cid Campeador y obispo de Valencia, trajo consigo a Salmantica dos legajos conocidos como Documentos Cidianos y el Santo Cristo de las Batallas, que la tradición sitúa en los campamentos militares del burgalés.
Estos documentos reflejan el deseo y la consideración de la Corona de hacer de Salmantica un centro de poder político, religioso, militar y administrativo en el Oeste, al extremo meridional del Duero, por su situación intermedia de comunicación entre el norte y el sur, en la calzada romana junto al puente que salva el Tormes.
También porque controlaba la rica zona de La Armuña, despensa vital para los ejércitos. Además Salmantica estaba fortificada y podría servir en la retaguardia de línea de defensa si cayera Toledo frente a los almorávides.