A los problemas de Felipe II en Flandes se sumó la reina inglesa Isabel I. Anticatólica y antiespañola se propuso terminar con la Monarquía Hispánica apoyando a los hugonotes franceses, a los calvinistas holandeses y a los piratas y corsarios que infestaban los mares.
Para hacer frente a tanta malquerencia el Prudente necesitaba una escuadra poderosa y un puerto atlántico adecuado donde guardar barcos y caracolas. El destino le fue propicio. En el año mil quinientos setenta y ocho murió sin descendencia el rey de Portugal. Felipe II, tío del difunto, hizo valer sus derechos al trono. Las clases altas portuguesas lo aceptaron y el pueblo llano, refugiándose en la impunidad del anonimato, se opuso.
Dos años después Felipe II ordenó al duque de Alba que tomase Portugal. Fue un paseo militar y sin preocuparse de los deseos de los hombrecillos de agua y lana, en poco más de un mes el implacable duque entró en Lisboa. Las Cortes portuguesas reunidas en Tomar reconocieron como rey a Felipe II y el Habsburgo prometió mantener la autonomía del reino, respetar sus instituciones, acatar sus leyes y proteger su comercio.
Aunque eliminaron las aduanas con Castilla, fue una unión personal, porque la independencia portuguesa quedó reconocida. Para acostumbrarlos a las fragancias de la nueva monarquía Felipe vivió tres años en Lisboa. La anexión de Portugal y la formación de un gran imperio marítimo atlántico despertaron las alarmas de la mezquina reina inglesa que envió varias compañías de soldados a los Países Bajos para que en aquel recodo de Europa limaran el poder de los españoles.
En Lisboa el rey Felipe preparó "La Gran Armada", una flota que debía recoger los tercios en Flandes y trasladarlos a Inglaterra. Mas aquel verano bramaban altos los vientos y la desgracia, que nunca viaja sola, se embarcó de polizón en las carracas, galeones, urcas, galeras y fragatas españolas. Y la poderosa escuadra, bautizada como "La Invencible" por la mofa inglesa, encontró un horizonte de muchas esquinas, donde los zarpazos de las tempestades, la habilidad de los marinos ingleses y los acechantes corsarios hicieron naufragar los barcos de España en las espumas de un mar colérico.
El impacto del fracaso fue tanto psicológico como político; los corsarios ingleses Hawkins y Drake, crecidos por la victoria, atacaron algunas ciudades costeras españolas (Lisboa, Cádiz y La Coruña). "Le he chamuscado la barba al rey de España" ?declaró sir Francis Drake al regresar a Londres después de bombardear Cádiz.