La importancia política de Salamanca, una capital de provincias que no llegaba a los sesenta mil habitantes, explica que fueran relevantes en la legitimación del golpe de estado figuras del mundo universitario, como los profesores de la facultad de Derecho vinculados a la Asociación Francisco de Vitoria, o del ámbito clerical, como los dominicos de San Esteban o el magistral Aniceto de Castro. En el paraninfo de la Universidad tuvo su primera sesión solemne el 6 de enero de 1938 el Instituto de España, que engloba a diez reales academias nacionales, con la asistencia de destacados académicos como Pío Baroja, Eugenio D'Ors o José María Pemán. Ese mismo lugar fue escenario de uno de los acontecimientos más glosados del inicio de la Guerra Civil, el enfrentamiento del rehabilitado rector Unamuno con el general Millán-Astray, fundador de la Legión. Unamuno, crítico con la República y el presidente Azaña hasta el punto de justificar la sublevación militar, asistía a la celebración del Día de la Raza aquel 12 de octubre de 1936. Aunque el claustro de la Universidad de Salamanca había respaldado la rebelión, manifestando a sus homólogas de todo el mundo que estaban en juego "los valores culturales de la civilización cristiana", el profesor no se mordió la lengua para aclarar que "vencer no es convencer", de modo que se encresparon los ánimos de cierta tropa y hubo de salir amparado en la esposa del general Franco y en el obispo Pla y Deniel. Tampoco sus compañeros del Casino aceptaron ser convencidos por su tercera vía. Sustituido en el rectorado y mirado con recelo por la España nacional y por la republicana, los "hunos" y los "hotros", murió prácticamente en arresto domiciliario en su vivienda de la calle Bordadores en la última tarde del año. Sus exequias, recién alumbrado 1937, fueron parasitadas por la parafernalia falangista, pero los versos que pusieron en la lápida de su nicho, el 340 del cementerio de San Carlos, no pueden ser más elocuentes: "Méteme, Padre eterno, en tu pecho, misterioso hogar. Dormiré allí, pues vengo deshecho del duro bregar".