Los presos en Salamanca, desde el primer momento de la guerra, no bajaron del millar, aunque había celdas para no más de cuatrocientos, por lo que tal hacinamiento y la ausencia de condiciones sanitarias provocaron que más de un centenar murieran por enfermedades como la tuberculosis o el tifus exantemático. A los detenidos los llevaban a la antigua cárcel de la cuesta de Sancti Spíritus, reabierta en 1936. También se utilizó la prisión de la Aldehuela de los Guzmanes. La Falange tuvo celdas y detenidos en el noviciado de los Jesuitas y la prisión militar se situó en el convento de las Bernardas del paseo de Canalejas, mientras que el colegio Francisco de Vitoria fue campo de concentración y de detención de los soldados republicanos capturados. Los sublevados establecieron su Cuartel General en el Palacio Episcopal, cedido por el obispo Enrique Pla y Deniel, que a través de su carta pastoral "Las dos ciudades" denunció la sangrienta persecución religiosa en la zona republicana y dio su apoyo al levantamiento. Entre los muchos religiosos salmantinos martirizados destacó el beato José Polo Benito, deán de la Catedral de Toledo. En la vivienda del prelado catalán residió el jefe militar y político del bando nacional, general Francisco Franco, con su familia hasta otoño de 1937. El Ayuntamiento, por su parte, decidió dedicarle uno de los medallones vacíos de la Plaza Mayor y poner su nombre a la calle Toro. Precisamente Franco había sido nombrado "generalísimo" en la finca salmantina de San Fernando, propiedad de Antonio Pérez-Tabernero. Se habilitó un búnker preparado para protegerles de los ataques de la aviación republicana, así como baterías antiaéreas en el Teso de los Cañones, que no impidieron los bombardeos de diciembre de 1936, causante de cuatro muertos en el Puente Ladrillo, y de enero de 1938, con ocho víctimas mortales tras los impactos en la Puerta de Zamora y el barrio de Garrido. En este contexto bélico se creó la base área de Matacán, próxima a la ciudad. El Cuartel General daba noticias y difundía propaganda desde la emisora de Radio Salamanca, nacida en 1925, hasta que el 19 de enero de 1937 tomó el relevo desde el Palacio de Anaya una nueva emisora de onda media comprada en Alemania, Radio Nacional de España, que pertenecía a la Delegación del Estado para Prensa y Propaganda. Si bien la sede de varias estructuras de gobierno se situó en Burgos, Salamanca fue el verdadero centro político del bando nacional. A la ciudad enviaban sus representaciones diplomáticas y militares los países extranjeros afines a los sublevados: Alemania, Italia, Portugal y Japón. Los alemanes de la Legión Cóndor ocuparon el palacio de Orellana mientras la embajada del régimen nazi se instaló en la facultad de Medicina. La legación italiana, por su parte, se aposentó en la plaza de los Bandos. Hubo tropas moras de Regulares en el asilo de la Vega, los carlistas tomaron por sede la Casa de las Conchas, y los falangistas, en abril de 1937, escenificaron en la ciudad su lucha intestina por el poder dentro de un partido político de ideología fascista que, en cuestión de horas, quedaría diluido tras el decreto unificador de todas las facciones dispuesto por Franco.