Al sublevarse Portugal en 1640, el corregidor de la capital levantó banderas en Salamanca y su Tierra y formó un ejército de 1.200 hombres, que marcharon a Ciudad Rodrigo a reforzar sus defensas. La Universidad y los estudiantes se negaron a ir a la guerra.
Los mirobrigenses no tardaron en pasar a la acción. En agosto de 1643 partidas portuguesas armadas entraron en la provincia haciendo riza, pero fueron derrotados por las tropas de Ciudad Rodrigo, que las obligaron a regresar precipitadamente a Portugal. En 1646 bandidos portugueses saquearon la frontera sin presentar batalla. Tres años más tarde un ejército regular portugués saqueó e incendió varios pueblos españoles en acciones de guerra, marchando sobre Ciudad Rodrigo. Para socorrer la plaza, el regidor salmantino Juan Cornejo se puso al frente de medio millar de voluntarios charros de una leva improvisada, y los condujo a la batalla. Los portugueses, temieron quedar cercados, se retiraron dejando un rastro de cenizas y llantos.
En 1650 el corregidor movilizó en Salamanca y su Tierra una fuerza de caballería que, después de las arengas de rigor, envió a luchar a Cataluña junto con 150 soldados de infantería. Un año después tropas portuguesas saquearon tierras de Ciudad Rodrigo y Ledesma. El corregidor salmantino de nuevo levantó un escuadrón de caballería con 300 jinetes que les pusieron en fuga. Al año siguiente, 1652, nueva invasión portuguesa de saqueo y robo de ganado que M. Villar y Macías estima en más de 4.000 cabezas; nuevo despliegue del corregidor y nueva retirada portuguesa con el botín. Otra entrada en 1660 y otro rechazo. En 1662 las autoridades decidieron alzar un fuerte frente a Almeida que frenase los robos, los incendios y los saqueos portugueses. Empezaron a construirlo el 8 de diciembre por lo que se llamó "de la Concepción". Los portugueses trataron de impedirlo pero unos 2.000 hombres armados partieron desde Salamanca para proteger a los trabajadores y a las obras, aunque no pudieron evitar que en 1666 hubiera una nueva incursión de robo y saqueo de ganado que llegó hasta las tierras de Vitigudino.
Los enfrentamientos terminaron en 1668 con la firma de la paz entre España y Portugal en la que la reina regente, Mariana de Austria, renunció a los derechos a la corona portuguesa para su hijo el rey Carlos II. Pareció llegar la paz, pero no del todo porque en 1676 hubo un enfrentamiento en nuestra Universidad entre estudiantes portugueses y españoles resultando muertos varios portugueses. El rey Alfonso VI de Portugal prohibió a los estudiantes de su país que vinieran a cursar estudios a Salamanca.