El fraile y doctor dominico, junto con Domingo de Soto, encabeza la renombrada Escuela de Salamanca, que teoriza sobre materia económica desde un punto de vista moral y se convierte en el pionero de los derechos universales de la persona y de los pueblos.
El descubrimiento de América acarreó una serie de problemas que, frente a las riquezas y poder que supuso, hubiera sido quizá más cómodo no plantear. Sin embargo, la Universidad de Salamanca supo tomar partido por la justicia en lo referente a las cuestiones morales que suscitaban los abusos de los conquistadores. Así, Francisco de Vitoria, al tener conocimiento en 1536 de las violencias cometidas durante la conquista de Perú, escribe su relección De indis, en la que declara que los indios no son seres inferiores a los que es legítimo esclavizar y explotar sino seres libres, con iguales derechos que los españoles y dueños de sus tierras y bienes. De este modo se inició el derecho de gentes. La primera reacción del poder, encarnado por Carlos V, es, según la leyenda, un grito airado: "¡Que callen esos frailes!". Sin embargo, la tesis de Vitoria acaba venciendo en la Corte, y en 1542 se promulgaron las Leyes Nuevas que ponen al indio bajo la protección de la Corona.
Estas fueron sus palabras: "Si los bienes se poseyeran en común serían los hombres malvados e incluso los avaros y ladrones quienes más se beneficiarían. Sacarían más y pondrían menos en el granero de la comunidad".
En 1539, Francisco de Vitoria, a raíz de los hechos poco cristianos en la conquista del Perú, se cuestiona la presencia hispana en Indias y el mismo Carlos V pareció dispuesto a abandonar si tal era el dictamen de juristas y teólogos. Escribe las Relectio de Indiis. Partiendo de la libertad natural e igualdad jurídica de todos los hombres señala 7 títulos ilegítimos entre los que destacan la autoridad universal del Emperador y la del Papa. A continuación indica 7 títulos legítimos para justificar la guerra y ocupación del territorio: el derecho de natural sociedad y comunicación libre; derecho de evangelización o propaganda de la fe; derecho de intervención paran que los convertidos no vuelvan a la idolatría; dar un príncipe cristiano a los convertidos; derecho de intervención para evitar la tiranía, sacrificios y leyes vejatorias; la elección verdadera y voluntaria.
Decenas de sus discípulos, tanto de sus aulas como de sus escritos, engrosarán puestos de responsabilidad en el Nuevo Mundo. Siempre que en América se apuesta por la dignidad del hombre, el bien común, los derechos de los pueblos, está el sólido sustento jurídico de Vitoria. Veremos dos casos: uno en México, el conquistador Montejo; otro en el Perú, el virrey Lope García de Castro.
Los salmantinos pueden ver su medallón en la Plaza Mayor, los limeños en el célebre santuario dominico de los santos peruanos de Nuestra Señora del Rosario.